L'accoppiamento di base è il legame specifico di basi nucleotidiche complementari l'uno con l'altro in un acido nucleico. Nell'accoppiamento di basi, un legame purinico con una pirimidina; in particolare, la guanina forma un legame con citosina e legami di adenina con timina o uracile, a seconda del tipo di acido nucleico coinvolto.
L'accoppiamento di base è così specifico che se un filo di DNA è noto, l'altro filo può essere ricostruito. Questo processo costituisce la base per la replicazione del DNA e la trascrizione dell'RNA messaggero.
L'esattezza dell'accoppiamento di basi deriva dalla dimensione delle basi. Due purine non possono adattarsi a un piolo e due pirimidine non sono abbastanza lunghe da coprire un gradino di una molecola di acido nucleico. Questo concetto è chiamato la regola di Chargaff per l'accoppiamento di basi del DNA. Questa regola spiega anche perché la quantità di adenina e timina sono equivalenti e la quantità di citosina e guanina sono uguali in una molecola di DNA.
