Gli apoenzimi sono proteine che formano sistemi enzimatici attivi combinandosi con i coenzimi e stabilendo la specificità del sistema per un substrato. Prima di entrare in questa sintesi, è spesso inattivo; prima di unirsi al coenzima o cofattore, è anche noto come zimogeno o proenzima. In alcuni casi, lo stato originale contiene alcuni aminoacidi extra che vengono fuori prima che assuma la sua struttura finale come un apoenzima.
Un apoenzima è solo una parte della struttura di un enzima più grande. L'attività enzimatica dipende da una specifica catena di proteine. I cofattori, o coenzimi, non sono sempre organici, ma generalmente provengono da una vitamina. Tuttavia, un diverso tipo di cofattore è un attivatore di ioni metallici. Inorganici, gli ioni metallici si uniscono spesso con legami covalenti coordinati. Lo scopo dietro il nutrizionale necessario per i minerali è quello di dare agli ioni del corpo che creano enzimi quando combinato con altri atomi polari.
Gli apoenzimi formano diversi tipi di associazioni con cofattori. Molti casi presentano legami sciolti, e i due si uniscono solo quando si verifica una reazione. In altri casi, i legami covalenti li tengono saldamente uniti. Lo scopo del cofattore è quello di trasformare la proteina in stato attivo alterandone la struttura o avviandosi nella reazione stessa. La molecola su cui agisce l'enzima è il substrato.
