L'assorbimento si verifica principalmente nell'intestino tenue, ma una parte di esso viene effettuata anche nello stomaco e nell'intestino crasso. L'assorbimento può avvenire in due fasi nell'intestino tenue. Questi sono chiamati gli stadi luminali e membranosi.
Lo stadio luminale di assorbimento avviene nel lume ed è guidato dagli enzimi pancreatici, mentre lo stadio membranoso è guidato dagli enzimi della mucosa intestinale. L'intestino tenue è altamente vascolarizzato, il che significa che l'organo è maggiormente in grado di trasportare i nutrienti dall'epitelio al sangue. I vasi linfatici presenti nell'intestino tenue aiutano a raccogliere i nutrienti e raccolgono agenti infettivi per aiutarli a distruggerli.
