I pesci hanno un sistema digestivo di base con stomaci adatti al tipo di cibo che il pesce mangia. Il cibo che viene assorbito viene parzialmente digerito nello stomaco prima di trasferirsi nell'intestino dove viene digerito ulteriormente, ed è nello stomaco che vengono assorbiti i nutrienti dal cibo mangiato.
Il cibo che non viene assorbito esce dal corpo del pesce attraverso l'apertura anale come rifiuto. È importante dare da mangiare ai pesci il cibo che è raccomandato per loro. Ad esempio, i pesci erbivori richiedono una dieta ricca di fibre, mentre i pesci carnivori necessitano di alimenti ricchi di proteine. I carnivori hanno intestini più corti e sistemi complessivamente più semplicistici, quindi il processo di spostamento del cibo attraverso il corpo varia leggermente.
