Il fertilizzante si posiziona in cima alla lista quando si tratta di sostanze inquinanti che hanno effetti dannosi sugli ecosistemi acquatici aggiungendo sostanze chimiche e interrompendo le funzioni degli ecosistemi. Eseguono notevoli quantità di danni in brevi periodi di tempo. I fertilizzanti possono avere un impatto sugli ecosistemi acquatici come fonti di inquinamento di origine puntuale e non, ma indipendentemente dall'ingresso, i loro effetti sono profondi.
I fertilizzanti entrano principalmente in ambienti acquatici sotto forma di sostanze chimiche, principalmente azoto e fosforo. Tuttavia, possono anche entrare nei laghi, nei corsi d'acqua e in altri ecosistemi acquatici attraverso erba tagliata e foglie rastrellate, che si lavano in quegli ambienti attraverso canali di scolo e depositano grandi volumi di fosforo.