Alga e protozoo sono nello stesso regno, Protista, perché la creazione iniziale di questo regno fu fatta sulla base di somiglianze superficiali, e questi organismi eucarioti e in gran parte monocellulari sembravano somigliarsi l'un l'altro più di ogni altro altro gruppo. I tre principali gruppi di protisti - protozoi, alghe e muffe melmose - non sono particolarmente legati. I lieviti, nonostante siano eucarioti monocellulari, sono classificati come funghi, non protisti.
Protista è davvero un regno di organismi che non si adatta ad alcuno degli altri regni stabiliti. Mentre il suo carattere generale è di organismi unicellulari con un nucleo, molte specie multicellulari, in particolare le alghe, sono incluse in esso. Le muffe di melma, un altro gruppo non correlato, a volte crescono come cellule giganti e macroscopiche con milioni di nuclei, secondo l'Erbario Intermountain dell'University State dell'University. I protisti sono definiti più da quello che non sono che da quello che sono, e questa definizione è controversa.
La classificazione delle alghe è particolarmente controversa. Le alghe comprendono la maggior parte dei protisti fotosintetici, ma alcuni gruppi, come i dinoflagellati, sono in realtà più strettamente correlati ai protozoi che alle alghe, come le alghe. Inoltre, la distinzione tra molti tipi di alghe, in particolare le alghe multicellulari e le piante non è molto ben definita, e alcuni scienziati propongono di raggrupparli insieme al protozoo.
