Un ecosistema naturale è un ecosistema che si presenta come se fosse senza l'influenza degli esseri umani. Il termine "ecosistema" si riferisce a tutte le piante, animali, funghi, protozoi, batteri e altri organismi che vivono nella stessa area. Tutte queste specie distinte condividono vite altamente interconnesse e, in molti modi, funzionano come una sola unità.
Esempi di ecosistemi naturali includono foreste pluviali vergini, deserti e il fondale oceanico, noto anche come pianura abissale. Questi ecosistemi hanno in gran parte evitato la mano degli esseri umani, consentendo loro di persistere nel loro stato storicamente naturale. Tuttavia, come tutti gli ecosistemi, questi habitat incontaminati si evolvono e cambiano nel tempo, indipendentemente dal fatto che gli esseri umani li abitino.
Molti habitat sono in gran parte naturali, ma hanno alcune impronte digitali umane. Ad esempio, foreste remote negli Stati Uniti orientali sono state registrate circa 100-200 anni fa, ma stanno in gran parte tornando alla loro forma primitiva e intatta. Molti habitat di praterie del Midwest hanno subito distruzioni e rinnovamenti simili.
Alcuni habitat, come discariche o aree suburbane, rappresentano l'opposto di un habitat naturale. Piuttosto che essere intatti dagli umani, questi tipi di habitat esistono solo perché gli umani li hanno creati. Tuttavia, funzionano ancora come unità singolari, se viste in un contesto ecologico.