Il compito del sistema immunitario è difendere il corpo dagli organismi infettivi e da altri intrusi. Ciò si verifica principalmente attraverso le azioni dei globuli bianchi. I fagociti distruggono le cellule e gli organismi non nativi, mentre i linfociti imparano dalle infezioni e consentono al corpo di combattere più facilmente le infezioni ripetute. L'immunizzazione utilizza i linfociti per aumentare la difesa del corpo contro le malattie addestrando le cellule a colpire le cellule infette indebolite o morte.
Molti dei sintomi della malattia associati a un particolare virus o infezione batterica sono, infatti, il sistema immunitario del corpo che cerca di liberare il sistema dall'intruso. Ad esempio, quando il corpo rileva il comune raffreddore da rinovirus, attiva le membrane per produrre un eccesso di muco per prevenire ulteriori intrusi e scovare quelli già presenti nel corpo. L'aumento della temperatura corporea aiuta a danneggiare i microorganismi invasori e una maggiore risposta alla tosse aiuta a liberare i polmoni. Anche i sintomi della diarrea sono una risposta immunitaria, un tentativo di rimuovere potenziali contaminanti dal sistema digestivo.
Il sistema immunitario del corpo può anche essere un ostacolo, in alcuni casi. Alcune malattie e allergie sono causate da un sistema immunitario iperattivo, che prende di mira le cellule del corpo o intrusi relativamente innocui invece di potenziali patogeni. L'artrite reumatoide, ad esempio, è causata dal sistema immunitario che prende le giunture e causa danni.