Il cromosoma che trasporta il minor numero di geni è il cromosoma Y. Il cromosoma Y trasporta solo circa 344 geni. I geni sul cromosoma Y determinano sesso e codice per le caratteristiche sessuali maschili.
L'assenza o la presenza del cromosoma Y determina il sesso di un essere umano. Il cromosoma Y si accoppia con il cromosoma X; questa coppia si chiama i cromosomi sessuali. Gli uomini hanno un cromosoma X e Y. Quando un uomo produce cellule spermatiche, il cromosoma Y, poiché ha meno geni del cromosoma X, non può scambiare il materiale genetico con il suo partner. Il cromosoma Y, quindi, passa da una generazione maschile alla successiva generazione maschile in una forma relativamente invariata. Il cromosoma X è molto più grande del cromosoma Y. Una donna possiede due cromosomi X. Quando il suo corpo forma le cellule uovo, pezzi di ciascun cromosoma X si staccano e si ricombinano per creare nuove combinazioni genetiche.