Gli effetti negativi delle Crociate includevano le ripetute sconfitte degli eserciti cristiani, il massacro di innocenti e il saccheggio di Costantinopoli. La distruzione di Costantinopoli tagliò ogni speranza di riparare lo scisma est-ovest nel cristianesimo, e questo evento lasciò l'impero bizantino vulnerabile all'impero ottomano.
I massacri durante la prima crociata avvennero quando il conte Emicho guidò una campagna che portò all'uccisione di ebrei innocenti in tutta la Renania durante la prima crociata del 1096. Ciò portò a relazioni tese tra ebrei e cristiani. Gli eserciti cristiani hanno anche massacrato uomini, donne e bambini a centinaia sulla loro strada per conquistare Gerusalemme.
Gli eserciti cristiani hanno subito numerose sconfitte durante le Crociate. Per esempio, gli eserciti del re Luigi VII di Francia e il re Corrado III di Germania furono sconfitti durante la Seconda Crociata per mano degli eserciti musulmani a Damasco. I crociati che occuparono Gerusalemme furono conquistati dal sovrano musulmano Saladino, che spinse la Terza Crociata.
Il saccheggio di Costantinopoli avvenne durante la quarta crociata. Papa Innocenzo III rovesciò Alessandro III di Bisanzio in favore di suo nipote, che in seguito sarebbe diventato Alessio IV. Il tentativo di Alessio di imporre l'autorità romana su bizantina fu accolto con resistenza, e successivamente fu ucciso. I crociati dichiararono guerra a Costantinopoli, che portò alla conquista e al saccheggio della città. Anche le chiese furono saccheggiate e molte persone furono uccise.
