Sebbene Thomas Jefferson in origine sostenesse l'idea di un governo federale forte, si dimise dal gabinetto del presidente George Washington nel 1793 principalmente a causa della sua forte opposizione alle opinioni federaliste di Alexander Hamilton, in particolare per quanto riguarda il finanziamento dei debiti di guerra. L'anonima stesura della Risoluzione del Kentucky da parte di Jefferson fu una delle prime dichiarazioni scritte dei diritti degli stati e fu un tentativo di dimostrare che gli Atti di Seduzione e di Alien del 1793 erano incostituzionali. Jefferson ha completamente respinto il concetto di poteri impliciti, secondo cui il governo federale poteva esercitare qualsiasi potere non esplicitamente vietato nella Costituzione degli Stati Uniti.
Thomas Jefferson divenne il terzo presidente degli Stati Uniti nel 1801 e rapidamente rimpiazzò gli ex deputati federalisti con membri del suo stesso Partito Democratico-Repubblicano. Come presidente, si concentrò principalmente sugli affari esteri e permise agli stati di prendere le proprie decisioni in materia di governance locale. All'inizio della sua amministrazione, Jefferson ha abrogato le accise di whisky e altre tasse federali, ha chiuso gli uffici governativi non necessari e ha iniziato a smantellare il precedente sistema fiscale federalista istituito da Alexander Hamilton.
L'obiettivo di Jefferson era di impedire l'instaurazione di un'aristocrazia americana che assomigliasse alla monarchia britannica che gli Stati Uniti avevano combattuto nella guerra rivoluzionaria. La sua difesa dei diritti degli stati e un governo federale che non interferiva nella governance locale era una dottrina che alcuni governi statali interpretavano come un diritto di separarsi dall'unione nelle dispute politiche che portarono alla guerra civile.
