A partire dal 2015 non esistono resoconti che documentino una grave tossicità associata all'uso del coenzima Q10, afferma WebMD. Mentre il CoQ10 è probabilmente sicuro se assunto da individui sani in quantità giornaliere fino a 3.000 milligrammi a otto mesi, alte dosi per periodi più lunghi richiedono cautela, afferma Mayo Clinic.
Un piccolo numero di pazienti si è ritirato da uno studio cardiovascolare sul coenzima Q10 dopo aver sofferto di nausea, dolore al torace ed eruzioni cutanee, riferisce WebMD. L'insonnia è stata associata a dosi di CoQ10 di 100 milligrammi al giorno. I pazienti che assumevano dosi da 300 milligrammi al giorno per lunghi periodi hanno mostrato un aumento del livello degli enzimi epatici, sebbene non sia stata trovata alcuna tossicità epatica. Ulteriori effetti collaterali segnalati per CoQ10 comprendono la sensibilità alla luce, l'indigestione, l'affaticamento e il mal di testa.
Il coenzima Q10 può rendere meno efficace il farmaco anticoagulante warfarin, riporta WebMD. Può anche ridurre la quantità di insulina richiesta dai diabetici. Gli individui con disturbi della pelle devono prestare attenzione quando assumono il CoQ10 perché rash e prurito sono possibili effetti collaterali, secondo la Mayo Clinic. I pazienti con disturbi emorragici, blocco dei dotti biliari, ipertensione e disturbi della tiroide dovrebbero inoltre essere consapevoli che il coenzima Q10 può avere effetti avversi su queste condizioni o interazioni negative con i farmaci prescritti per trattarli.