Gli eubatteri si riproducono asessualmente attraverso la fusione binaria. La fusione binaria è una replica completa del materiale genetico dei batteri che si traduce in una cellula madre che si divide in due cellule di batteri identici. Può verificarsi rapidamente a una divisione ogni 20 minuti, tenendo conto della sorprendente capacità replicativa degli eubatteri.
All'inizio della fusione binaria, il materiale genetico di una cellula di eubatteri viene copiato in modo da formare due serie di cromosomi. Queste due copie di cromosomi si muovono in regioni nucleotidiche separate e la membrana plasmatica inizia a crescere tra le due copie. Una volta che queste copie raddoppiano le loro dimensioni originali, la membrana plasmatica si incastra, separando la cellula eubatterica originale in due cellule figlie. Queste due celle figlie sono indipendenti l'una dall'altra ma a volte possono rimanere collegate. Questa connessione è ciò che forma le colonie in alcune specie. Poiché le cellule prodotte attraverso la fusione binaria sono geneticamente identiche, sono facilmente distrutte con antibiotici. Per contrastare questo, gli eubatteri si ricombinano attraverso coniugazione, trasduzione e trasformazione.
I batteri sono un tipo di eubatteri, e alcuni possiedono la capacità di entrare in uno stadio dormiente chiamato "spore", in cui riposano finché non passano le condizioni minacciose. Le spore sono resistenti al calore, alla secchezza grave, alle radiazioni e alle sostanze chimiche tossiche.
