L'Impero Inca fu conquistato dagli spagnoli, guidati da Francisco Pizarro e dai suoi fratelli, tra il 1532 e il 1572. Sebbene gli Inca resistessero, furono indeboliti dal vaiolo e dalla guerra civile, che aiutarono gli spagnoli a sconfiggerli e successivamente a distruggere gran parte di la loro cultura.
Il più grande contributo alla sconfitta degli Inca era la malattia. Tra il 60 e il 94% della popolazione inca è stata decimata dal vaiolo prima che arrivassero gli spagnoli. Ciò ha lasciato l'impero indebolito. Inoltre, una sanguinosa guerra civile tra Atahualpa e Huáscar, i figli del deceduto sovrano inca Huayna Capac, divise gli Inca e permise agli spagnoli di sfruttare le fazioni sociali che si formarono, che aiutarono nella loro eventuale conquista.
