I funghi vivono nel terreno, sui pavimenti delle foreste, nell'acqua e persino nelle piante, negli animali e nell'aria. I funghi crescono praticamente in ogni area del pianeta - occupano biomi tropicali e temperati zone. I funghi hanno adattamenti diversi per adattarsi ai climi e alle condizioni in cui vivono: alcuni sono più porosi e adatti alla vita nella foresta pluviale e nelle aree paludose, mentre altri hanno rivestimenti esterni rigidi, molto simili ai coralli, che consente loro di vivere sui fondali oceanici .
I funghi del suolo si trovano negli ecosistemi di tutto il mondo; ovunque ci sia suolo, cresceranno. Questi funghi si affidano allo sporco e ai terreni in cui crescono per fornire loro vitamine e sostanze nutritive essenziali. I funghi del suolo si trovano spesso a crescere in prossimità delle specie di piante associate. In questo caso, la pianta e il fungo formano una relazione reciprocamente vantaggiosa in cui la pianta fornisce ai funghi alimenti con sostanze organiche decomposte, e i funghi forniscono acqua e sostanze nutritive alla pianta. I funghi acquatici abitano acqua salata e corpi d'acqua dolce; a seconda della zona di residenza, hanno una varietà di caratteristiche speciali per far fronte alla vita nei loro ambienti. Le spore di questi funghi, come quelli dei funghi che crescono nell'aria, si disperdono e si rigenerano quando trasportati dai venti.