La temperatura influenza la percentuale di semi che germoglia e il tasso di germinazione. I semi tenuti a temperature più elevate hanno maggiori probabilità di deteriorarsi e non germinare. Una volta che i semi iniziano a germogliare, temperature più elevate stimolano una più rapida germinazione fino a una temperatura ottimale, dopo di che la velocità di germinazione diminuisce.
La temperatura ottimale per la velocità di germinazione varia a seconda delle specie. I semi secchi hanno maggiori probabilità di germogliare a temperature più elevate, ma i semi bagnati hanno meno probabilità di germinare a temperature più elevate. L'alternanza tra temperature fredde e temperature calde può stimolare molti semi bagnati a germogliare. Alcune specie di seme sono stimolate a germogliare a temperature molto basse.
