La differenza principale tra ciglia e flagelli è come sono organizzati. Cilia e flagella sono entrambe estensioni flessibili che aiutano le cellule a muoversi.
Cilia e flagelli sono organuli cellulari o estensioni strutturalmente simili che aiutano il movimento cellulare. Le cellule hanno in genere uno o due flagelli più lunghi e molte ciglia più brevi. Il movimento di battere delle ciglia è diverso da quello del flagello, in quel flagello si muovono in un movimento ondulatorio e le ciglia si spostano in un modo più complicato.
Un singolo flagello potrebbe spostare una cella con un tipo di frusta, o due flagelli potrebbero spostarsi in tandem. Tuttavia, le ciglia coprono la maggior parte del corpo della cellula e battono in modo coordinato.
