La religione prevalente delle colonie del New England era il cristianesimo, ma lungo linee nettamente diverse dalla chiesa anglicana (o chiesa d'Inghilterra) che i coloni erano fuggiti. L'approccio puritano al cristianesimo era alla distanza le loro pratiche dal cattolicesimo, un compito che consideravano fallito l'anglicanesimo. In particolare, hanno respinto la struttura episcopale (gerarchica) della Chiesa anglicana, con la sua classifica di vicari, vescovi e arcivescovi, e hanno cercato invece di implementare una struttura congregazionalista in base alla quale ogni chiesa, o congregazione, sarebbe stata più o meno indipendente e autogestita .
Questa struttura congregazionalista permetteva alle chiese di organizzare le proprie tasse e di assumere, oltre al fuoco, i propri ministri. Erano anche molto selettivi dei loro membri, nonostante il fatto che la frequenza alla chiesa fosse obbligatoria. Gli alti standard della Chiesa Puritana rendevano difficile la sopravvivenza attraverso le generazioni, ei leader della chiesa furono costretti ad ammorbidire le loro richieste con la "Alleanza di mezza strada" nel 1662. Ciò consentì ai bambini battezzati che si rifiutavano di dare testimonianza di essere membri parziali , ma non la santità, che avrebbe permesso loro di votare sugli affari ecclesiastici e prendere la comunione.
I puritani idealisticamente religiosi erano anche noti come non-separatisti per distinguerli dal gruppo di riformisti più estremista, anche se molto più piccolo, noto come Separatisti. Questo gruppo, forse più comunemente conosciuto come i pellegrini della colonia di Plymouth, era arrivato prima dei puritani, cercando una rottura molto più estrema dalle tradizioni della Chiesa anglicana.
