Il seme di una pianta è anche l'embrione vegetale, che si verifica quando un grano di polline arriva a un ovulo e lo fertilizza. L'embrione di pianta fertilizzata contiene i semi e i tessuti nutrienti necessari per nutrire l'embrione mentre inizia a crescere in una pianta.
Le sostanze nutritive all'interno del seme sono anche chiamate endosperma, che sono generalmente costituite da proteine, grassi o carboidrati. Gli ovuli si trovano con l'ovaia di una pianta a fioritura matura. L'ovaia è una grande struttura rotonda situata proprio alla base del fiore. Nelle conifere e in altre piante non pelose, gli ovuli si trovano all'interno delle scaglie di un cono di semi, che viene spesso definito pigna. Nelle mele, l'ovaio della pianta è il frutto che cresce dopo che gli ovuli sono stati fecondati, e tutto ciò che rimane del fiore sono le foglie che sono ancora attaccate al frutto.
Alcuni semi giacciono in uno stato di dormienza fino a quando le condizioni sono giuste per la crescita. Questo protegge la pianta dalla crescita troppo presto e dall'impossibilità di sopravvivere agli elementi. Gli orticoltori usano una tecnica chiamata stratificazione per sottoporre i semi a condizioni sia umide che fredde.
