La differenza principale tra protisti e monerani è che i protisti sono eucarioti mentre i monerani sono procarioti. I protisti, come le amebe, sono quindi più strettamente legati agli umani che ai monerani, come i batteri.
Monerani e protisti sono entrambi organismi unicellulari, ma le loro somiglianze finiscono largamente al livello dell'anatomia macroscopica. Monera è un gruppo che include tutti i veri batteri, mentre il Kingdom Protista contiene alghe monocellulari, amebe e paramecie. I protisti hanno membrane esterne relativamente semplici e pareti cellulari ugualmente semplici o assenti. I monerani hanno pareti cellulari chimicamente complesse e, con pochissime eccezioni, non possiedono le ciglia, flagelli o pseudopodi comuni tra i protisti. I protisti hanno nuclei cellulari discreti che contengono DNA orientato linearmente organizzato in più cromosomi. I monerani non hanno nucleo e il loro DNA è organizzato come un singolo cromosoma a forma di anello. I protisti, come è vero per tutti gli eucarioti, svolgono la sintesi proteica con l'aiuto di componenti cellulari distinti chiamati organelli, di cui i monerani mancano completamente. I protisti possono riprodursi sessualmente o asessualmente, a seconda delle specie e dell'ambiente, mentre i monerani generalmente si riproducono asessualmente tramite la fissione binaria. Monera è di gran lunga il più vasto e diversificato regno della vita, mentre i protisti mantengono una relativa somiglianza in chimica, anatomia e comportamento.
