I tre fattori che causano la muffa del pane sono la presenza di spore, la disponibilità di una fonte di cibo e temperature ottimali. Le muffe sono microrganismi classificati come funghi del regno.
Le muffe sono piante microscopiche, che contengono spore che possono germinare in condizioni favorevoli. Le muffe producono una crescita lanuginosa e multicolore su un'ampia varietà di alimenti, incluso il pane. Possono utilizzare sostanze diverse per le loro esigenze nutrizionali, anche per pareti e davanzali. Le muffe prosperano se esposte a temperature appropriate che vanno da 77-86 gradi Fahrenheit.
Si sa che le muffe producono sostanze tossiche chiamate micotossine. I prodotti alimentari che contengono una crescita visibile delle muffe non sono raccomandati per il consumo.