Ci sono 23 ingredienti in Dr Pepper, nessuno dei quali è noto al pubblico. Il sapore insolito è stato inventato da un farmacista che ha creato l'aroma di soda per replicare l'odore di sciroppi di frutta assortiti nel drugstore in cui lavorava, secondo il museo Dr Pepper.
L'unico indizio fornito dalla società sugli ingredienti in Dr Pepper è che il prodotto non contiene succo di prugna. La leggenda narra che il farmacista Charles Alderton inventò il primo Dr Pepper al Old Corner Drug Store di Morrison a Waco, in Texas, nel 1885. Dopo notevoli test, Alderton offrì un assaggio dello sciropposo intruglio a Wade Morrison, il suo datore di lavoro. A Wade Morrison viene attribuito il merito di dare il nome alla soda nera.
Il Dr Pepper fu presentato al pubblico americano alla Louisiana Purchase Exposition di St. Louis, nel Missouri, nel 1904. Il dott. Pepper lasciò cadere il suo nome negli anni '50.