I due principali vantaggi dell'uso di OGM o di organismi geneticamente modificati sono l'aumento della resa delle colture e la resistenza a parassiti e malattie. Le modifiche genetiche non sempre comportano l'uso di sostanze chimiche e talvolta possono essere compiute attraverso l'innesto, l'allevamento selettivo e l'incrocio.
Gli organismi geneticamente modificati possono avere un impatto positivo sia per i produttori che per i consumatori. Da un punto di vista economico, gli OGM possono aumentare i raccolti, rendendo gli agricoltori più efficienti. Questi aumenti di resa possono essere il risultato di un'ampia gamma di vantaggi genetici allevati nel raccolto. Ad esempio, una varietà di lattuga che ha aumentato la resistenza al freddo e al gelo potrebbe significare che l'agricoltore è in grado di conservare un raccolto maggiore dopo che un gelo precoce danneggia una grande porzione di terreno.
Un esempio ben noto di modifica genetica che si rivela vantaggioso per consumatori e produttori è l'uso del portainnesto americano nei vigneti alla fine del XIX secolo. Dopo aver spedito il portainnesto in Europa dall'America, un focolaio di un afide altamente aggressivo chiamato Phylloxera ha decimato i vigneti europei. Dopo aver notato che i vigneti americani non erano così sensibili agli insetti, i produttori di vino iniziarono ad innestare le loro viti sulle radici del Nuovo Mondo. Di conseguenza, il mercato europeo è stato in grado di riprendersi quasi completamente dall'epidemia.
Tuttavia, la mancanza di dati scientifici definitivi sulla sicurezza dei geni utilizzati per creare OGM presenta incertezza in merito ai problemi di sicurezza. Un altro svantaggio potenziale è che le colture modificate per resistere a dosi più elevate di pesticidi presenteranno invariabilmente il rischio che più sostanze chimiche rimangano sul cibo una volta raggiunto il consumatore. Pertanto, non solo i geni utilizzati per modificare gli organismi possono essere dannosi in quanto tali, ma anche le sostanze chimiche aggiunte durante la produzione potrebbero presentare rischi.
