È normale che jalapeños diventi nero durante il processo di crescita. Il colore del pepe è soggetto a modifiche più a lungo rimane sulla pianta.
I peperoni Jalapeño variano per dimensioni, consistenza, sapore e colore. La maggior parte dei jalapeños vengono raccolti quando sono di un verde brillante. Tuttavia, se vengono lasciati sulla pianta, il colore continua a cambiare. Il colore verde brillante inizia lentamente a diventare più scuro finché non diventa nero. Il colore nero segna l'ultima fase della trasformazione del peperoncino jalapeño. I peperoni rossi jalapeño tendono ad essere più dolci e meno speziati del tradizionale peperone verde.