Gli svantaggi di Kefir includono il suo contenuto di grassi saturi, la densità relativamente alta di calorie e la concentrazione di zucchero pesante. Kefir interagisce anche male con alcuni farmaci. I batteri, i lieviti ei probiotici trovati nel kefir possono anche causare problemi di digestione, come costipazione, crampi intestinali e dolori allo stomaco.
A causa dei batteri creati durante il processo di fermentazione, kefir può causare malattie e infezioni nelle persone con sistema immunitario compromesso. Inoltre aggrava i sintomi dei disturbi intestinali, come la malattia di Crohn e la sindrome dell'intestino irritabile.
I potenziali effetti collaterali sono un altro svantaggio di kefir. I batteri e i probiotici trovati nel kefir spesso inducono molti spiacevoli effetti collaterali, specialmente quando gli utenti iniziano a bere il kefir. Gli effetti collaterali negativi comprendono nausea, dolore addominale, mal di testa, diarrea, fastidio allo stomaco, gonfiore e gas. Alcune persone segnalano problemi di pelle come l'acne o le bolle.
Kefir causa anche pericolosi picchi di pressione sanguigna nelle persone che assumono antidepressivi. Interferisce con la maggior parte dei farmaci immunosoppressori, inclusi basiliximab, azatioprina, tacrolimus e prednisone. La ricerca suggerisce che il kefir può scatenare emicranie in alcuni pazienti.
Inoltre, non esiste alcuna prova concreta del fatto che il kefir sia un'opzione terapeutica adatta a qualsiasi condizione medica. Nonostante le numerose affermazioni, non vi è alcuna prova che il kefir migliora il colesterolo alto, tratta la diarrea indotta da antibiotici, cura l'intolleranza al lattosio o allevia le ulcere della bocca.