Gli svantaggi degli additivi alimentari sono che possono causare reazioni allergiche e altri gravi problemi di salute. Gli additivi alimentari sono generalmente elencati sull'etichetta degli ingredienti di un prodotto, ma la loro funzione è raramente rivelata.
Uno studio turco del 2012 ha dichiarato che le reazioni allergiche agli additivi alimentari hanno proliferato negli ultimi 20 anni. I sintomi di queste allergie sono irritazioni della pelle, disagio intestinale e problemi respiratori. Tuttavia, la maggior parte di questi sintomi sono minori e non segnalati. Gli additivi più comuni che scatenano reazioni allergiche sono solfiti di glutammato mono-sodio, coloranti alimentari e dolcificanti artificiali.
Uno studio pubblicato nell'edizione del 1994 della rivista medica Annals of Allergy ha indicato un legame sostanziale tra l'ADHD e il consumo di coloranti e conservanti artificiali. Alcuni prodotti chimici che sono collegati all'iperattività sono benzoato di sodio, colorante alimentare rosso e vari coloranti alimentari gialli.
L'aspartame, la saccarina, i nitriti e il benzoato sono additivi alimentari che sono stati collegati al cancro negli studi sugli animali perché creano composti cancerogeni durante il processo di metabolizzazione, come affermato dal Centro per la scienza nell'interesse pubblico. Al contrario, la Food and Drug Administration afferma che poiché nessuna ricerca umana è stata fatta, non c'è alcuna giustificazione per rimuovere queste sostanze chimiche potenzialmente dannose dal cibo.