Nel 1980, Clarksville Natural Grocery si è fusa con Safer Way Natural Foods di Austin, in Texas, per diventare Whole Foods Market. Un'alluvione l'anno successivo ha gravemente danneggiato il negozio, l'inventario e le attrezzature.
L'espansione iniziale di Whole Foods avvenne attraverso la fusione e l'acquisizione di altri negozi e aziende. I primi mercati di Whole Foods al di fuori di Austin erano a Houston e Dallas. Nel 1988, Whole Foods Market acquisì The Whole Food Company di New Orleans, la sua prima espansione oltre il Texas. Negli anni '90 e nei primi anni 2000, la compagnia ha continuato ad acquisire negozi di generi alimentari naturali ea costruirne di nuovi. A partire dal 2015, Whole Foods gestisce oltre 420 negozi negli Stati Uniti, in Canada e nel Regno Unito.
