Il pane Babka potrebbe essere originato da ebrei dell'Europa dell'Est, oppure potrebbe essere un lontano parente del pannetone italiano. Le origini esatte del pane babka sono sconosciute.
Il pane Babka potrebbe essere originario della Polonia o dell'Ucraina. Una teoria afferma che era parte di un antico rituale della fertilità come parte del sistema matriarcale. Questo tipo di pane ripieno è particolarmente popolare in Russia, Bielorussia, Paesi Baltici, Polonia e Ucraina. Il nome "babka" è relativo a "babcia", la parola slava per la nonna. Una teoria è che la tradizionale padella polacca utilizzata per la cottura della babka ricorda le pieghe della gonna di una donna anziana. Un'altra teoria sul nome è che le nonne erano i panettieri principali del piatto.
Un'altra teoria sostiene che il babka abbia avuto origine in Italia, dove è visto come una versione "russificata" del pane italiano al pannetone. Forse la regina Bona Sforza portò la tradizione con lei in Polonia nel 16 ° secolo. L'idea che il babka abbia avuto origine in Italia è supportata dall'inclusione del cioccolato in alcune versioni. Gli ebrei divennero cioccolatieri in Italia e portarono con loro la tradizione quando fuggirono dall'Inquisizione spagnola nel XV secolo.
Babka era molto più grande della versione attuale. Agli inizi del XIX secolo, i panettieri polacchi iniziarono a usare l'impasto di uova challah per preparare un dessert con marmellata, cannella o uvetta, che costituivano la base del moderno pane babka.