Un certo numero di animali mangia pomodori, tra cui scoiattoli, conigli, cervi e procioni. Alcuni animali, come le marmotte di bosco, distruggono le piante di pomodoro nel processo di assunzione del frutto.
Tenere gli animali fuori dalle piante di pomodoro può essere difficile, e i metodi variano a seconda dell'animale. Tenere i cervi fuori con una staccionata può essere difficile perché possono saltare una staccionata più corta di circa 9 piedi. Un cane che abbaia è spesso il miglior deterrente per i cervi, ei gatti possono essere efficaci protettori contro scoiattoli e altri piccoli animali.
Per alcuni animali scavatori come le marmotte, una recinzione deve essere sepolta diversi metri di profondità per impedire loro di scavare sotto di essa. Per procioni altamente intelligenti e adattabili, solo una gabbia piena può tenerli fuori dalle piante di pomodoro. Gufi o serpenti falsi possono aiutare a tenere a bada i conigli.
Diffondere sostanze naturali come l'urina di animali predatori o peperoncino può essere un modo non tossico e efficace per tenere gli animali fuori dalle piante di pomodoro. Alcuni giardinieri piantano più pomodori del necessario, sapendo che gli animali ne elimineranno alcuni. In alcune zone è illegale per i proprietari di case intrappolare gli animali selvatici. Anche se l'animale non è danneggiato, spostarlo lontano dalla sua area abituale può causare lesioni o morte all'animale.
