Per congelare i peperoni jalapeno, lavare i peperoni, rimuovere gli steli, metterli in un pacchetto, assicurarsi che non ci sia spazio extra e quindi sigillare bene la busta. Mentre alcuni tipi di peperoni richiedono persone per tagliarle prima del congelamento, questo non è necessario con i peperoni jalapeno.
Quando si congelano peperoni jalapeno, ci sono alcune precauzioni di sicurezza da tenere a mente perché gli oli di pepe possono irritare la pelle. Indossare sempre un paio di guanti di gomma e provare a maneggiare il pepe principalmente dal gambo perché il gambo non ha oli. Dopo aver lavorato con jalapenos, lavarsi accuratamente le mani con acqua e sapone e smaltire i guanti senza toccarne l'esterno.