La farina cruda può essere pericolosa da consumare a causa dei suoi alti livelli di batteri. La farina in genere non passa attraverso un processo trattato termicamente per uccidere gli agenti patogeni. Questi patogeni, se consumati crudi in prodotti come la pasta cruda, possono far ammalare i consumatori.
Nel 2009 si è verificata un'epidemia di E. coli a causa della pasta biscottata di Nestle Toll House, come notato dall'archivio delle notizie di WebMD. C'erano 77 persone in 30 stati colpiti dall'epidemia e tutti stavano dopo aver mangiato la pasta biscottata della Nestle Toll House senza cuocerla prima. 35 persone sono state ricoverate in ospedale che hanno richiesto il richiamo immediato di 3,6 milioni di pacchi di pasta per biscotti.
Inizialmente, il colpevole dell'epidemia si pensava che fossero le uova crude, ma dopo un esame più approfondito il CDC e la FDA furono lasciati ad assumere che il contaminante fosse solo farina cruda. A quel tempo non passò attraverso alcun processo di trattamento termico per uccidere gli agenti patogeni come gli altri ingredienti trovati nell'impasto dei biscotti. Da quell'incidente, diversi produttori, tra cui Nestlé, hanno iniziato a implementare un processo di riscaldamento nelle loro fabbriche per ridurre i batteri nella farina nella speranza di evitare ulteriori focolai.
