Gli svantaggi del consumo di alimenti biologici includono costi più elevati e una disponibilità inferiore rispetto ai prodotti convenzionali. Gli agricoltori che producono prodotti biologici non usano determinati fertilizzanti e pesticidi per incoraggiare la crescita delle colture e prevenire la diffusione di erbe infestanti. Sebbene ciò comporti benefici ambientali, riduce anche la produzione e incide sui prezzi al consumo.
Gli agricoltori biologici affrontano rischi più elevati di minacce colturali rispetto agli agricoltori convenzionali. Le loro colture sviluppano meno resistenza a fattori naturali come la siccità e le malattie. Una resistenza inferiore produce danni alle colture e produzione ridotta, che richiedono aumenti di prezzo. Gli agricoltori biologici producono anche colture di qualità inferiore senza l'assistenza di prodotti agricoli convenzionali. In genere i prodotti biologici impiegano più tempo per raggiungere gli scaffali dei negozi rispetto ai prodotti convenzionali. Il processo di raccolta, spedizione e distribuzione si allunga per le colture biologiche. A loro volta, queste colture appaiono più vecchie e meno fresche al raggiungimento dei consumatori.
La mancanza di disponibilità prevedibile compromette anche l'appeal delle colture biologiche. I consumatori spesso trovano prodotti agricoli tradizionali nei negozi tutto l'anno. I prodotti biologici, tuttavia, arrivano durante determinate stagioni. Gli agricoltori biologici coltivano colture biologiche per il consumo in forma grezza e per la produzione di altri prodotti alimentari. I produttori alimentari usano etichette che indicano la conformità con i requisiti biologici federali, come delineato dal Dipartimento dell'Agricoltura degli Stati Uniti (USDA). Le etichette indicano la quantità di sostanze organiche nei prodotti. Gli articoli con il 100% di etichette biologiche derivano da tutti gli ingredienti biologici. Tutti gli articoli con etichette che dichiarano "biologico" devono contenere almeno il 95 percento di ingredienti biologici.
