Chipotle consente ai clienti di effettuare ordini online per il ritiro. Gli utenti accedono o creano un account e fanno clic sul pulsante Ordina ora. Chipotle include anche un modulo d'ordine per fax e l'opzione per l'ordine di gruppo online, e per gli utenti di telefoni cellulari, l'app Chipotle offre opzioni di ordinazione.
La pagina dell'ordine presenta le opzioni di entrata, che gli utenti personalizzano scegliendo la carne, il tipo di riso, i fagioli e le farciture. I contorni e le bevande appaiono anche sulla pagina. Gli utenti scelgono di pagare nel negozio o online con una carta di credito o una carta regalo. Presso il negozio, i clienti che hanno effettuato gli ordini online vanno direttamente al registro di ritiro.