Il frutto si decompone perché batteri, funghi e altri microrganismi invadono il frutto e secernono enzimi che causano marcescenza. Accelerando il processo di decomposizione insieme agli enzimi presenti naturalmente nel frutto, il successo di questi organismi e gli enzimi sono anche influenzati da fattori ambientali come l'ossigeno e l'acqua.
Affinché la frutta si rovini, devono essere presenti batteri o funghi. Il frutto che inizia a rovinare il più veloce normalmente viene danneggiato sulla superficie in un modo che consente un facile accesso da parte dei microbi. L'ossigeno nell'aria accelera anche il deterioramento provocando l'ossidazione dei frutti e fornendo un ambiente favorevole ai microrganismi. L'acqua è anche essenziale per il successo degli organismi e poiché i frutti consistono in una grande percentuale di acqua, i batteri e la crescita dei funghi sono incoraggiati anche oltre.
Il primo organismo che in genere infesta un frutto è un fungo in quanto è più attrezzato per distruggere la parete cellulare delle piante. Una volta che questo si verifica, gli enzimi secreti iniziano a marcire il frutto rendendolo più favorevole ad ospitare la popolazione di batteri, aumentando ulteriormente il tasso di decomposizione. Alcuni ambienti che possono impedire la decomposizione della frutta sono quelli tipici della conservazione degli alimenti come il decapaggio in soluzioni acide o la canditura nello zucchero.
