I funghi shiitake e le alghe kombu sono i tradizionali sostituti giapponesi dei fiocchi di bonito. Questi ingredienti sono comunemente usati per aromatizzare versioni vegetariane di brodi e salse che normalmente contengono fiocchi di bonito secchi.
Mentre i fiocchi di bonito sono più comunemente usati per aromatizzare gli stock e le salse, hanno anche altri usi nella cucina giapponese. Possono essere cosparsi sul cibo come condimento o utilizzati come ripieno in palline di riso. A volte Bonito viene anche usato come sostituto, sostituendo il pesce più costoso come il tonno saltato. In alcuni paesi, la palamita viene venduta anche come tonno in scatola.