La carne di squalo non è completamente sana, in quanto può contenere alti livelli di mercurio. Secondo un rapporto dell'Agenzia per la protezione dell'ambiente degli Stati Uniti nel 2004, lo squalo è stato classificato insieme a pesce tegola, re sgombro e pesce spada come contenente alti livelli di mercurio. Il rapporto EPA ha continuato a consigliare alle persone di non mangiare squalo.
Un precedente rapporto della CNN ha osservato che i livelli di mercurio nella carne di squalo possono causare cecità, perdita di coordinazione e morte. Su 124 squali campionati dal Centro per la ricerca sugli squali del Laboratorio del Mote Marine, circa un terzo conteneva livelli di mercurio in concentrazioni superiori al livello di azione della Food and Drug Administration degli Stati Uniti. La FDA, l'EPA e l'Organizzazione mondiale della sanità richiedono che le carni di squalo contengano etichette di avvertimento relative ai pericoli del mercurio e dei metalli pesanti nella carne.
La maggior parte delle organizzazioni sanitarie avvertono che le donne in età fertile e i bambini non dovrebbero mangiare carne di squalo e che altri non dovrebbero consumare più di un'oncia al mese. Gli squali che misurano più di 43 pollici di lunghezza, secondo il Dipartimento della Salute della Florida, non dovrebbero essere usati per la carne. Ciò è dovuto al fatto che gli squali possono vivere per 50 anni o più, e più vecchio e più grande è lo squalo, più mercurio può contenere e più il consumo dello squalo può essere dannoso per la salute umana.
