Praticamente tutti i formaggi disponibili per l'acquisto nei supermercati e nei negozi di formaggi sono il più vicino possibile al glutine, il che significa che contengono tutti un livello di glutine non rilevabile. Gli ingredienti principali dei formaggi sono il latte, caglio (un enzima cagliata del latte) e batteri (che fermenta il latte).
Quando si pratica una dieta priva di glutine, si deve sempre essere cauti con la contaminazione incrociata del glutine, così come quando altri ingredienti vengono aggiunti come aromatizzanti nei formaggi. Sta emergendo una nuova tendenza della birra e dei formaggi inzuppati di spirito, come il cheddar irlandese con birra robusta o whisky irlandese. Entrambe aggiungono un livello pericoloso di glutine ai formaggi che aromatizzano. In questi casi, è altamente raccomandato a coloro che soffrono di allergie al glutine per evitare di consumare uno qualsiasi di questi tipi di formaggio.
Inoltre, le persone che soffrono di allergie al glutine o celiachia si sono preoccupate di certi tipi di formaggi blu contenenti glutine perché i batteri classicamente utilizzati per la loro produzione, il Penicillium roqueforti, sono tradizionalmente coltivati a segale, malto o destrosio a base di grano, ognuno dei quali contiene glutine. Uno studio condotto nel 2009 dalla Canadian Celiac Association ha testato un gruppo di formaggi blu per il glutine e ha scoperto che i livelli erano tutti inferiori a una parte per milione, che è un livello non rilevabile. Tuttavia, le persone che soffrono di celiachia dovrebbero sempre procedere con cautela, quindi chiedi sempre al tuo venditore quante più informazioni possibili sulle origini di un prodotto che stai considerando per l'acquisto.