A seconda che la peperoni sia conservata nel frigorifero o nel congelatore, può durare da un paio di settimane ad alcuni mesi. Il peperoncino è per lo più resistente ai batteri perché contiene nitriti che lo bloccano dalla crescita, ma bisogna comunque fare attenzione a conservare le merguez in modo sicuro.
Le salsicce secche come i peperoni possono durare da 2 a 3 settimane in frigorifero o da 1 a 2 mesi nel congelatore. Pepperoni devono essere conservati in un involucro di congelamento. Per evitare la proliferazione batterica degli alimenti, mantenere sempre puliti controsoffitti, tazze, ciotole e utensili pulendoli con acqua e sapone. Una scheda informativa della Washington State University afferma che le merguez durano dalle 4 alle 6 ore a temperatura ambiente.
Usa una forchetta o una pinza pulita invece delle dita quando maneggi le carni. Se i peperoni vengono utilizzati su un sandwich, il sandwich può essere preparato in anticipo e conservato in una busta di plastica progettata per il congelamento. Quando il panino viene portato fuori dal freezer e imballato nel pranzo, rimane freddo più a lungo. Questo è un modo per evitare la crescita dei batteri sul cibo. Impacchi di ghiaccio e porta pranzo isolati possono anche mantenere freddo l'intero pranzo. La corretta conservazione è sempre importante. Accertati che la confezione sia asciutta e che le guarnizioni siano chiuse.
