I bagel possono essere conservati in una dispensa per uno o due giorni. Si consumano al meglio entro tre mesi dalla conservazione in un congelatore.
Conservare i bagel a temperatura ambiente in un sacchetto di plastica trasparente e sigillato prima di metterli nella dispensa. Per conservare i bagel nel congelatore, metterli in una busta del freezer resistente, avvolgerli in un foglio o avvolgerli in un congelatore. Tenere il congelatore a 0 gradi Fahrenheit per tenerli freschi il più a lungo possibile. Non conservare i bagel in frigorifero per un periodo di tempo prolungato, in quanto potrebbero seccarsi e diventare stantii.