La mozzarella trasformata può essere congelata e può conservare fino a sei mesi nel congelatore. La mozzarella perde umidità quando è congelata e sviluppa una consistenza friabile. A causa di questa consistenza, la mozzarella scongelata è adatta solo per gli usi in cui è fusa.
La mozzarella fresca non gela e le varietà trasformate e non è appropriata per il congelamento. La mozzarella scongelata non può essere sostituita con ricette che richiedono formaggio fresco. Ciò è dovuto alle differenze di sapore e consistenza. La mozzarella a basso contenuto di grassi ha più acqua rispetto alle varietà a basso contenuto di grassi, il che influisce sulla quantità di umidità persa durante il congelamento e sul modo in cui si scioglie allo scongelamento.