Il cioccolato contiene caffeina, e mangiare una quantità eccessiva di esso può causare nervosismo, minzione frequente, battito cardiaco accelerato e difficoltà a dormire. Le donne incinte e che allattano dovrebbero moderare il consumo di cioccolato, così come le persone con ipertensione, glaucoma o disturbi digestivi.
Il cioccolato, o il cacao, può causare reazioni cutanee allergiche e disturbi gastrici, come stitichezza, nausea, brontolii allo stomaco, gas o disturbi intestinali generali. La caffeina contenuta in grandi quantità di cioccolato può anche causare emicrania e ansia e rallentare il processo di coagulazione del sangue, con conseguente sanguinamento e lividi nelle persone che hanno disturbi emorragici. Le persone con condizioni cardiache dovrebbero monitorare il consumo di cacao in quanto possono causare battito cardiaco irregolare. La sindrome dell'intestino irritabile, la diarrea e il reflusso gastroesofageo sono talvolta aggravati dalla caffeina.
Durante la gravidanza, la caffeina contenuta nel cioccolato può contribuire al parto prematuro, al basso tasso di natalità e all'aborto spontaneo. I neonati che consumano caffeina attraverso il latte materno della madre potrebbero diventare irritabili e avere movimenti intestinali troppo frequenti. Gli individui con osteoporosi, glaucoma e ipertensione possono manifestare spiacevoli sintomi della caffeina nel cioccolato, e chiunque stia per sottoporsi ad intervento chirurgico deve interrompere il consumo di tutto il cacao due settimane prima dell'intervento, poiché può interferire con il controllo della glicemia durante e dopo un intervento chirurgico.
