Il pericolo principale di mangiare il pane ammuffito è lo sviluppo di un mal di stomaco o una reazione allergica allo stampo. Ci sono casi in cui la muffa provoca la formazione di micotossine all'interno del pane, presentando significative minacce alla salute per le persone che ingerirli. Queste pericolose crescite di muffe sono indiscernibili da quelle innocue.
Il pane ammuffito produce effetti collaterali fisici come mal di stomaco, secchezza delle fauci o prurito e sintomi allergici legati alla sensibilità generale della muffa. Nei casi in cui le tossine si sviluppano in concomitanza con lo stampo, le persone sono maggiormente a rischio di soffrire di gravi problemi fisici. Non è possibile dire guardando alla crescita delle muffe se queste sostanze tossiche sono presenti.
Le micotossine sono disponibili in diverse varianti, tra cui aflatossina, citrinina e ocratossina. Le sostanze tossiche generate da formazioni fungine micotossine sul pane causano problemi come la depressione di sintesi dell'RNA, il cancro del fegato, l'insufficienza renale e la morte in casi più estremi. La presenza di questa muffa negli alimenti è spesso difficile da rilevare.
Altri tipi di micotossine che appaiono nel pane ammuffito attaccano il sistema nervoso o provocano sintomi simili alla febbre. Queste sostanze devono essere consumate in volumi moderati per generare gravi effetti collaterali, ma è ancora considerato pericoloso ingerire le micotossine in qualsiasi volume.